test_Equinodermos de la Colección de Referencia de Biología Marina de la Universidad del Valle (CRBMeq-UV)

John Alexander Salazar Hernandez1, Edgardo Londoño-Cruz1, Erika Montoya-Cadavid2, Andres Felipe Carmona Guerra3, Valentina Orozco Llanos1

1 Universidad del Valle, Calle 13 # 100-00, Edificio E20 - 4061, Sección Biología Marina (Sede Meléndez), 76001, Santiago de Cali, Colombia; 2 Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras “José Benito Vives de Andreis” INVEMAR, Calle 25 No. 2-55, Playa Salguero, Santa Marta D.T.C.H., 470006, Santa Marta, Colombia; 3 Universidad del Valle, Calle 13 # 100-00, Edificio E20, Sección Biología Marina (Sede Meléndez), 76001, Santiago de Cali, Colombia

Corresponding author(s): John Alexander Salazar Hernandez (salazar.john@correounivalle.edu.co)Edgardo Londoño-Cruz (edgardo.londono@correounivalle.edu.co)Erika Montoya-Cadavid (erika.montoya@invemar.org.co)

Received {date}; Revised {date}; Accepted {date}; Published {date}

Citation: Combination of authors, year of data paper publication (in parentheses), Title, Journal Name, Volume, Issue number (in parentheses), and doi of the data paper.

Resource Citation

Salazar Hernandez J A, Londoño-Cruz E, Montoya-Cadavid E (2023): Equinodermos de la Colección de Referencia de Biología Marina de la Universidad del Valle (CRBMeq-UV). v5.3. Universidad del Valle. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/lywq4k https://doi.org/10.15472/lywq4k

Abstract

Este conjunto de datos hace parte de la Colección de Referencia de Biología Marina de la Universidad del Valle. Posee 624 registros de equinodermos, correspondientes a 59 especies, las cuales se encuentran repartidas en 4 clases (Asteroidea, Echinoidea, Holothuroidea y Ophiuroidea). Los registros provienen casi que en su totalidad, de la región del Pacífico colombiano. Estos registros datan desde el año 1975 hasta el año 2021. Uno de los principales precursores de esta colección fue el biólogo Raúl Neira, quien con ayuda de estudiantes empezó la recolecta de especímenes a comienzos de la década del 70, con el fin de reforzar la enseñanza de las primeras generaciones de biólogos de la Universidad del Valle enfocados en el área marina. Debido a que en esa época no habían muchos estudios sobre equinodermos en gran parte del Pacífico oriental, se contó con el apoyo de Gordon Hendler (Los Angeles County Museum), David Pawson (Smithsonian Institution) y John Lawrence (University of South Florida) para la identificación de los especímenes. La colección de referencia se estableció formalmente ante el Instituto Alexander Von Humboldt en el año 2002.

Keywords: Occurrence, Echinodermata, Equinodermos, Estrellas de mar, Pepinos de mar, Erizos de mar, Pacífico colombiano, Universidad del Valle

Project details

Project title: Equinodermos de la Colección de Referencia de Biología Marina de la Universidad del Valle (CRBMeq-UV)
Personnel: Edgardo Londoño
Funding: La CRBMUV hace parte de la Vicerrectoría de Investigación de la Universidad del Valle, dependencia que provee los recursos de funcionamiento básicos, complementados con los recursos generados por proyectos a cargo de los docentes encargados de cada colección. 

En el año 2013, mediante el Convenio de Cooperación No. 13-13-014-242 entre el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y la Universidad del Valle, se realizó la estandarización y georreferenciación de las localidades asociadas a los registros disponibles hasta ese momento, y se publicaron en el entonces funcional IPT-Valle del Cauca. 

Recursos adicionales para la documentación, digitalización y publicación de los datos de la colección fueron provistos entre el 2021-07-01 y 2023-06-30 por el Proyecto BID-CA2020-055-NAC "Increasing the accessibility of marine information from Colombians Natural History Collections by mobilizing data, strengthening infrastructure, and training" financiado por la unión Europea a través del Programa BID Caribe (Biodiversity Information for Development Programme) y GBIF (The Global Biodiversity Information Facility). El proyecto fue realizado bajo la coordinación del Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras "José Benito Vives de Andréis" - INVEMAR en conjunto con la Universidad del Magdalena; Universidad de Antioquia; Universidad del Valle; Universidad Tecnológica del Chocó; Universidad el Bosque; la Red Nacional de Museos de Ciencia, Historia Natural y Colecciones Biológicas; el SiB Colombia; SiBM-OBIS Colombia y GBIF.

Los equinodermos de la colección y sus datos asociados fueron fortalecidos y actualizados durante el desarrollo de dicho proyecto, siendo el actual recurso uno de los productos asociado al entregable "Invertebrados de las colecciones marinas de la Universidad del Valle"
Study area descriptions/descriptor: Los registros de equinodermos abarcan diversas localidades y hábitats (acantilados rocosos, arrecifes coralinos, playas arenosas, manglares) del Pacífico colombiano, en los  departamentos de Chocó, Valle del Cauca, Cauca y Nariño. También incluye ejemplares del Caribe, e los departamentos Archipiélago de San Andrés, Providencia, y Santa Catalina; Bolívar y  Magdalena.
Design description: Desarrollo de actividades curatoriales y control de calidad de información siguiendo cuatro criterios de trabajo:
1. Criterios curatoriales: verificación física de lotes (existencia, preservación, etiquetas); verificación de datos de los registros biológicos asociados (concordancia de datos de etiqueta e información disponible, complementación de datos). Se asignan y verifican los números de catálogo de los registros, evitando duplicidad.
2. Criterios taxonómicos: validación de nombres científicos hasta el nivel más bajo de identificación del lote. Corroboración del taxón con especialista. Validación de autoridad taxonómica con base en WoRMS - World Register of Marine Species (https://www.marinespecies.org/). 
3. Criterio espacial: Validación de la georrefenciación del punto de recolecta del espécimen representado en coordenadas decimales; especificación de la profundidad de obtención en metros; y validación de correspondencia de la localidad indicada. Herramientas: Conversor de coordenadas Canadensys (https://data.canadensys.net/tools/coordinates); Google Earth Pro 2022, versión 7.3.6.9345; Marine Regions Gazetteer 2022 (https://www.marineregions.org/gazetteer.php?p=search). Datos previos de la colección tuvieron en cuenta la división político-administrativa del DANE (Colombia) para los departamentos, municipios y centros poblados. 
4. Criterios de documentación: estandarización de datos acorde a Darwin Core considerando el uso de vocabularios controlados y la documentación de los Términos de obligatorio diligenciamiento acorde a los lineamientos nacionales para datos marinos y costeros (Nodo OBiS Colombia y SiB Colombia), y los requeridos de forma general por los sistemas globales de OBiS y GBIF.

Esta publicación no incluye registro de observaciones y fotografías, los cuales fueron publicados en el recurso Observaciones de Equinodermos de la Universidad del Valle (CRBMeq-UV) y se encuentran disponibles en: https://doi.org/10.15472/1rszwr.

Data published through GBIF: https://ipt.gbif.org/resource?r=kt_test_1108_2

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: Los 624 registros de equinodermos de la colección de referencia, están representados taxonómicamente por 4 clases, 13 ordenes, 22 familias, 37 géneros y 58 especies.
Taxonomic ranks
Class: Asteroidea, Echinoidea, Holothuroidea, Ophiuroidea
Order: Amphilepidida, Apodida, Arbacioida, Camarodonta, Cidaroida, Diadematoida, Echinolampadacea, Euryalida, Holothuriida, Ophiacanthida, Paxillosida, Spatangoida, Valvatida
Family: Amphiuridae, Arbaciidae, Astropectinidae, Brissidae, Cidaridae, Diadematidae, Echinometridae, Gorgonocephalidae, Holothuriidae, Luidiidae, Mellitidae, Mithrodiidae, Ophiactidae, Ophidiasteridae, Ophiocomidae, Ophiodermatidae, Ophiolepididae, Ophionereididae, Ophiotrichidae, Oreasteridae, Synaptidae, Toxopneustidae
Genus: Amphiodia, Amphipholis, Arbacia, Astrocaneum, Astropecten, Astropyga, Brissus, Centrostephanus, Diadema, Echinometra, Echinothrix, Encope, Euapta, Eucidaris, Hesperocidaris, Holothuria, Labidodemas, Lanthonia, Linckia, Luidia, Lytechinus, Mellita, Mithrodia, Nidorellia, Ophiactis, Ophiocoma, Ophiocomella, Ophioderma, Ophiolepis, Ophionereis, Ophiothela, Ophiothrix, Pentaceraster, Pharia, Phataria, Toxopneustes, Tripneustes
Common names: Estrellas de mar verdaderas, Erizos de mar, Pepinos de mar, Estrellas de mar quebradizas

Spatial coverage

General spatial coverage: Este conjunto de datos posee información de los equinodermos del Pacífico colombiano, abarcando las regiones marino-costeras de los departamentos del Cauca, Valle del Cauca, Chocó y Nariño. En adición, se cuentan con 3 registros del Caribe colombiano, correspondientes a los departamentos del Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, Bolívar y Magdalena. Los rangos de profundidades están comprendidos desde los 0 metros (superficie) hasta los 82.29 metros (mas profundo).
Coordinates: 1°19'4.8''N and 14°31'12''N Latitude; 80°19'55.2''W and 71°22'1.2''W Longitude 

Temporal coverage: June 14, 1974 - July 31, 2022

Natural collections description

Collection name: Colección de Referencia de Biología Marina (Equinodermos) CRBMeq-UV
Collection identifier: https://www.gbif.org/es/grscicoll/collection/e5d6db6b-6040-4df1-a54e-8c1fc1b30c4b
Specimen preservation method: Alcohol
Specimen preservation method: Dried
Curatorial unit: Between 1 and 624 (Lotes)
Curatorial unit: Between 1 and 624 (Registros Biologicos)

Methods

Method step description: 
- . 	Curaduría de información: Recopilación de datos provenientes de los lotes
- . 	Asignación de nuevos números de catálogo a cada nuevo registro
- . 	Estructuración global de la información en el formato Darwin Core versión 4.0
- . 	Depuración y completitud de la información faltante en los registros biológicos
- . 	Limpieza de datos: de aspectos de forma (ortografía, tipografía, comas y dobles espacios), rectificación/corrección de coordenadas, fechas y nombres taxonómicos en los registros
- . 	Curaduría física: Para los nuevos registros, se realizó la identificación de los organismos hasta el nivel taxonómico más bajo posible (tarea realizada por la tesista Valentina Orozco Llanos). Posteriormente, se realizaron etiquetas físicas nuevas con su respectivo número de catálogo (siguiendo el estándar de la Universidad del Valle), incluyendo la información correspondiente de cada nuevo lote. Finalmente, se ubicaron los lotes dentro de la Colección de Referencia de Biología Marina de la Universidad del Valle (CRBMeq-UV), organizándolos taxonómicamente por familia.
- . 	Curaduría física: Para los registros antiguos, se corroboró el estado del alcohol, del recipiente y de las etiquetas, reemplazando cada elemento por uno en perfectas condiciones en caso de ser requerido. En caso de que los organismos se encontraran supremamente deteriorados o que no estuvieran presentes en el contenedor, se daban de baja o se reportaban como extraviados respectivamente, en la base de datos (CRBMeq-UV).
Study extent description: Pacífico colombiano y Caribe colombiano
Sampling description: Los especímenes de equinodermos son colectados manualmente en su mayoría. Luego se les realiza un tratamiento con agua dulce para relajar a los organismos (en caso de ser necesario), donde posteriormente son fijados en alcohol al 70% y son envasados o empaquetados, con al menos un recambio de alcohol en el laboratorio. Finalmente son identificados hasta el nivel taxonómico más bajo posible y se les asigna su respectivo numero de catalogo para el ingreso a la colección de referencia. Por otro lado, respecto al proceso de curaduría en general, se realizó recambio de alcohol al 70% a los lotes que lo requirieron y se les asignó un número de catálogo único a cada uno de los 156 nuevos registros que se ingresaron a la Colección de Referencia de Biología Marina de la Universidad del Valle (CRBMeq-UV).
Quality control description: Se realizó una limpieza de datos inicial, completando y depurando toda la información de los registros biológicos en el formato DwC ver. 4.0. Se estandarizaron los datos de fechas y coordenadas usando las herramientas "Date parsing" y "Coordinate conversion" respectivamente, de la plataforma web Canadensys. Además, para completar los datos de georreferenciación, se utilizaron las herramientas "Google Earth Pro v.7.3.6.9285" y el "Geoportal de la división político-administrativa del DANE (Colombia)", apoyándose a su vez, en la información del sitio de colecta registrado en los lotes. Se realizó una verificación cruzada de todos los registros y se corrigieron errores de ortografía y tipografía, así como depuración de comas y dobles espacios, usando la herramienta OpenRefine 3.5.2. Finalmente, se rectificaron y corrigieron/actualizaron los nombres taxonómicos en los registros biológicos, usando la herramienta "Match Taxa" de la página web World Register of Marine Species (WoRMS).

Datasets

Dataset description
Object name: Darwin Core Archive test_Equinodermos de la Colección de Referencia de Biología Marina de la Universidad del Valle (CRBMeq-UV)
Character encoding: UTF-8
Format name: Darwin Core Archive format
Format version: 1.0
Distribution: https://ipt.gbif.org/archive.do?r=kt_test_1108_2
Publication date of data: 2023-11-08
Language: Spanish
Licences of use: Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License

Metadata language: Spanish
Date of metadata creation: 2023-02-08
Hierarchy level: Dataset

References
WoRMS (2023). Echinodermata. Accessed at: https://www.marinespecies.org/aphia.php?p=taxdetails&id=1806 on 2023-02-16
Brusca, R. C., Brusca, G. J., & Martínez, F. P. (2005). Invertebrados (1.ª ed., p. 1032). España: McGraw-Hill Interamericana de España S.L. ISBN-10: 8448602463
Benavides Serrato, M., Borrero Peréz, G., & Díaz Sánchez, C. M. (2011). Equinodermos del Caribe colombiano I: Crinoidea, Asteroidea y Ophiuoridea. (1.ª ed., p. 384). Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras - INVEMAR. Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras - INVEMAR. URI: http://hdl.handle.net/1834/6675
Lizcano Sandoval L D, Carmona Guerra A F (2021). Equinodermos de la Colección de Referencia de Biología Marina de la Universidad del Valle (CRBMeq-UV). Version 5.2. Universidad del Valle. Occurrence dataset https://doi.org/10.15472/lywq4k accessed via GBIF.org on 2023-02-16.
Cantera, J. & Londoño-Cruz, E. (Eds.). 2011. Colombia Pacífico: Una visión sobre su biodiversidad marina. Programa Editorial Universidad del Valle, Cali, Colombia. 420 p. ISBN: 978-958-670-954-5
Cantera, J. (ed). 2011. Estadíos de vida vulnerable de organismos marinos de Bahía Málaga: Guía para su identificación. Programa Editorial Universidad del Valle, Cali, Colombia. 144 p.
Neira, R. & Cantera, J. 2005. Composición taxonómica y distribución de las asociaciones de equinodermos en los ecosistemas litorales del Pacífico colombiano. Rev. Biol. Trop. 53 (Suppl. 3): 195-206.