Project metadata - Test DNA derived

Dados como um arquivo DwC-A	download 93.908 registros em English (13 MB) - Frequência de atualização: diariamente
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Descrição

tax_class_id_cutoff: 85Minimum percent identity for taxonomic assignmenttax_class_query_cutoff: 96Minimum percent query coverage for taxonomic assignmenttax_class_collapse: Taxonomic levels were dropped to the lowest common ancestor (LCA) with the similarity thresholds of 99%, and also based on % identify thresholds (>98% species). This was conducted using the LCA_taxonomy script in eDNAFlow https://github.com/mahsa-mousavi/eDNAFlow.How was the taxa collapsed to higher taxonomic levels? i.e. lowest common ancestorscreen_contam_method: Taxa detected in negative controls were checked and removed across curated ASV dataset (i.e. samples)How were contaminations screened and applied in data curation/analyses/interpretation?screen_geograph_method: Distribution information was checked using FishBase and SealifeBase. New eDNA occurrence records in the region were heavily scrutinised; if congeners were not sequenced for targeted gene marker then the taxonomic assignment was collapsed to lowest common ancestor.How were species distribution information screened and applied?screen_nontarget_method: Non-targeted species (i.e. domestic animals, humans and non-marine species) were removed from curated ASV dataset.How were non-target species screened and applied?bioinfo_method_additional: The min_reads_cutoff was 1 read, but singletons were kept if the same sequence was detected in multiple samples.Additional information on bioinformatics, that has not been shared in the given record. [This dataset was processed using the GBIF Metabarcoding Data Toolkit.]

Registros de Dados

Os dados deste recurso de ocorrência foram publicados como um Darwin Core Archive (DwC-A), que é o formato padronizado para compartilhamento de dados de biodiversidade como um conjunto de uma ou mais tabelas de dados. A tabela de dados do núcleo contém 93.908 registros.

Também existem 1 tabelas de dados de extensão. Um registro de extensão fornece informações adicionais sobre um registro do núcleo. O número de registros em cada tabela de dados de extensão é ilustrado abaixo.

93908

This IPT archives the data and thus serves as the data repository. The data and resource metadata are available for download in the downloads section. The versions table lists other versions of the resource that have been made publicly available and allows tracking changes made to the resource over time.

Versões

A tabela abaixo mostra apenas versões de recursos que são publicamente acessíveis.

Direitos

Pesquisadores devem respeitar a seguinte declaração de direitos:

O editor e o detentor dos direitos deste trabalho é Test Organization #1. To the extent possible under law, the publisher has waived all rights to these data and has dedicated them to the Public Domain (CC0 1.0). Users may copy, modify, distribute and use the work, including for commercial purposes, without restriction.

GBIF Registration

Este recurso não foi registrado pelo GBIF

Palavras-chave

Occurrence

Contatos

Thomas Stjernegaard Jeppesen

Originador ●
Ponto De Contato

Grenågade 5 4. th

2100 KØBENHAVN Ø

Denmark

stjernegaard@gmail.com

61333847

https://orcid.org/0000-0002-3530-013X

Cobertura Geográfica

dtyjdtytj

Coordenadas delimitadoras	Sul Oeste [-90, -180], Norte Leste [90, 180]

Dados Sobre o Projeto

Project Description

Título	Project Title
Identificador	Project Identifier
Financiamento	Project Funding
Descrição da Área de Estudo	Project Study Area Description
Descrição do Design	Project Design Description

O pessoal envolvido no projeto:

Thomas Stjernegaard

Editor

https://orcid.org/1234

Metadados Adicionais

Identificadores alternativos	https://ipt.gbif.org/resource?r=test_dnaderived