tax_class_id_cutoff: 85Minimum percent identity for taxonomic assignmenttax_class_query_cutoff: 96Minimum percent query coverage for taxonomic assignmenttax_class_collapse: Taxonomic levels were dropped to the lowest common ancestor (LCA) with the similarity thresholds of 99%, and also based on % identify thresholds (>98% species). This was conducted using the LCA_taxonomy script in eDNAFlow https://github.com/mahsa-mousavi/eDNAFlow.How was the taxa collapsed to higher taxonomic levels? i.e. lowest common ancestorscreen_contam_method: Taxa detected in negative controls were checked and removed across curated ASV dataset (i.e. samples)How were contaminations screened and applied in data curation/analyses/interpretation?screen_geograph_method: Distribution information was checked using FishBase and SealifeBase. New eDNA occurrence records in the region were heavily scrutinised; if congeners were not sequenced for targeted gene marker then the taxonomic assignment was collapsed to lowest common ancestor.How were species distribution information screened and applied?screen_nontarget_method: Non-targeted species (i.e. domestic animals, humans and non-marine species) were removed from curated ASV dataset.How were non-target species screened and applied?bioinfo_method_additional: The min_reads_cutoff was 1 read, but singletons were kept if the same sequence was detected in multiple samples.Additional information on bioinformatics, that has not been shared in the given record. [This dataset was processed using the GBIF Metabarcoding Data Toolkit.]
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次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。
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| 座標（緯度経度） |
南 西 [-90, -180], 北 東 [90, 180] |
Project Description
| タイトル |
Project Title |
| 識別子 |
Project Identifier |
| ファンデイング |
Project Funding |
| Study Area Description |
Project Study Area Description |
| 研究の意図、目的、背景など（デザイン） |
Project Design Description |
プロジェクトに携わる要員:
https://orcid.org/0000-0002-3530-013X