DFO Quebec Region Invertebrate assemblages and submerged aquatic vegetation in coastal areas of the St. Lawrence Estuary and Gulf (north shore) using a drop photo camera system.

Enregistrements de données

Les données de cette ressource données d'échantillonnage ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 1 745 enregistrements.

1 tableurs de données d'extension existent également. Un enregistrement d'extension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre d'enregistrements dans chaque tableur de données d'extension est illustré ci-dessous.

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Versions

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Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Lévesque D, Roux M, Robillard A (2023). DFO Quebec Region Invertebrate assemblages and submerged aquatic vegetation in coastal areas of the St. Lawrence Estuary and Gulf (north shore) using a drop photo camera system.. Version 1.9. Fisheries and Oceans Canada. Samplingevent dataset. https://ipt.iobis.org/obiscanada/resource?r=dl_cpd_ppo&v=1.9

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est Test Organization #1. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : e6e3fcff-5323-426d-a558-ea7294c856f2.  Test Organization #1 publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du GBIF Secretariat.

Mots-clé

Occurrence TEST hello

Contacts

David Lévesque

• Fournisseur Des Métadonnées ●
• Créateur ●
• Personne De Contact

Research scientist

Department of Fisheries and Oceans Canada

850 Route de la Mer

G5H 3Z4 Mont-Joli

Québec

CA

david.levesque@dfo-mpo.gc.ca

https://orcid.org/0000-0001-7532-0146

Marie-Julie Roux

• Fournisseur Des Métadonnées ●
• Créateur ●
• Personne De Contact

Research scientist

Department of Fisheries and Oceans Canada

850 Route de la Mer

G5H 3Z4 Mont-Joli

Québec

CA

marie-julie.roux@dfo-mpo.gc.ca

https://orcid.org/0000-0002-4831-8507

Amélie Robillard

• Créateur

Biologist

Department of Fisheries and Oceans Canada

850 Route de la Mer

G5H 3Z4 Mont-Joli

Québec

CA

amelie.robillard@dfo-mpo.gc.ca

Data Management Section

• Personne De Contact

Fisheries and Oceans Canada

850 route de la Mer

G5H 3Z4 Mont-Joli

Quebec

CA

gddaiss-dmsaisb@dfo-mpo.gc.ca

Couverture géographique

The north shore of the St. Lawrence Estuary and Gulf between Portneuf-sur-Mer and Sept-Îles at depths ranging from 0 to 50 meters. La rive nord de l’estuaire et du golfe du Saint-Laurent entre Portneuf-sur-Mer et Sept-Îles à des profondeurs entre 0 et 50 mètres

Couverture taxonomique

Data contains 4866 species occurrence data of 109 different taxa for epibenthic invertebrates and submerged aquatic vegetation (including algae) at depths ranging from 0 to more than 50 meters. // Données de 4866 occurrences de 109 taxons d'invertébrés épibenthiques et de végétation aquatique submergée (y compris les algues) observés à des profondeurs allant de 0 à plus de 50 mètres

Couverture temporelle

Données sur le projet

The elaboration of conservation objectives based on an ecosystem assessment approach for fishery stock assessment requires the development of sampling methods to maximize the data collection on the ecosystem, while minimizing the impact on organisms and the marine environment. This project aims at characterising the coastal ecosystem of the St. Lawrence Estuary and Gulf between Portneuf-sur-Mer and Sept-Îles (QC), including the physico-chemistry of water, phytoplankton, zooplankton, submerged vegetation, benthic habitats as well as assemblages of fish and invertebrates. Sampling was performed by combining conventional methods such as CTD profiling, zooplankton nets, and beam trawl, with non-extractive methods such as drop camera photo (DCP) and stereoscopic baited remote underwater camera video systems (stereo-BRUVs). The data collected will help define baseline ecosystem conditions in the study area; explore the links between environmental conditions, habitat structure and biological assemblages; identify important habitats for marine species; as well as the evaluation of the performance of visual sampling methods compared to conventional methods. The results will make it possible to optimize the seasonal or annual monitoring in order to better understand the direct and indirect effects of human activities in coastal environments. // L’élaboration d’objectifs de conservation écosystémiques dans la gestion des ressources halieutiques nécessite le développement de méthodes d’échantillonnage permettant de maximiser la collecte de données sur l’écosystème, tout en minimisant l’impact sur les organismes et le milieu marin. Ce projet vise la caractérisation écosystémique de la zone côtière de l’estuaire et du golfe du Saint-Laurent entre Portneuf-sur-Mer et Sept-Îles (QC), incluant la physico-chimie de l’eau, le phytoplancton, le zooplancton, la végétation submergée, les habitats benthiques ainsi que les assemblages de poissons et invertébrés. L’échantillonnage est réalisé en combinant des méthodes conventionnelles telles que le profilage CTD, les filets à zooplancton et le chalut à perche, à des méthodes non-extractives telles les caméras photo déposées (CPD) et les systèmes de caméras vidéo stéréoscopiques appâtés (CVSA). Les données amassées contribueront à définir les conditions écosystémiques de référence dans la zone d’étude; explorer les liens entre les conditions environnementales, la structure des habitats et les assemblages biologiques; identifier des habitats d’importance pour les espèces marines; ainsi qu’à l’évaluation de la performance des méthodes d’échantillonnage visuel par rapport aux méthodes conventionnelles. Les résultats permettront d’optimiser les suivis saisonniers ou annuels en vue de mieux comprendre les effets directs et indirectes des activités humaines en milieux côtiers.

Méthodes d'échantillonnage

Additional information about this dataset is available in the “Method step description” section. // Des renseignements additionnels concernant ce jeu de données sont disponibles dans la section « Description des étapes méthodologiques ».

Description des étapes de la méthode:

1. 1. Acquisition of photo samples in sequence: The drop camera photo (DCP) system used to sample underwater pictures is a stainless steel frame in the shape of a triangular prism of 50 cm wide, 100 cm long and 76 cm high at the level of the central eyelet. The sampling area is a quadrat of 0.25 m2 (interior dimensions of 50 cm by 50 cm). The system consists of two GoPro Hero 5 cameras (4000 × 3000 pixels) and two 8000 lumens dive lights (Big Blue VL8000). The first camera captures the elements located in the quadrat when viewed from above. The second camera offers an oblique view facilitating the evaluation of the elements present in the quadrat. At all sampling stations, five to nine system deployments (replicas) capturing photos every 10 seconds for 60 to 120 seconds were performed. // 1. Acquisition des échantillons de photos en séquence : Le système de caméra photo déposé (CPD) utilisé pour échantillonner les images sous-marines est un cadre d’acier inoxydable ayant la forme d’un prisme à base triangulaire de 50 cm de largeur, de 100 cm de longueur et de 76 cm de hauteur au niveau de l’œillet central. La superficie du quadrat d’échantillonnage est de 0.25 m2 (dimensions intérieures de 50 cm par 50 cm). Le système est composé de deux caméras GoPro Hero 5 (4000 × 3000 pixels) et de deux lumières de plongée de 8000 lumens (Big Blue VL8000). La première caméra permet de capter les éléments se trouvant dans le quadrat en vue du dessus. La seconde caméra permet d’avoir un plan oblique facilitant l’évaluation des éléments présents dans le quadrat. À toutes les stations d’échantillonnage, cinq à neuf déploiements du système (réplicas) capturant des photos toutes les 10 secondes durant 60 à 120 secondes, ont été réalisés.
2. 2. Image analysis: A photo image analysis method with sequence (moving images) was used for the occurrence data extraction and organism counts; measurements were taken to obtain vegetation cover percentages and substrate analyzes were also carried out. Analyzes were performed with the open-source Fiji software from ImageJ. A quality/visibility rating was assigned to the analyzed image sequences. // 2. Analyse d’images: Une méthode d’analyse des images photo avec séquence (en mouvement) a été utilisée pour l’extraction des données d’occurrence et d’abondance des organismes; des mesures ont été prises pour obtenir les pourcentages de couverture de la végétation et des analyses du substrat ont également été effectuées. Les analyses ont été réalisées avec le logiciel ouvert Fiji de ImageJ. Une cote de qualité/visibilité a été attribuée aux séquences d’images analysées.
3. 3. Taxonomic approach: Epibenthic organisms were identified at the lowest possible taxonomic rank. A morphotype approach has been systematically used (during annotations) for the identification of sponges, hydrozoans and bryozoans, and occasionally for other organisms such as algae. Species codes were also used to distinguish certain species that could not be identified at the time of the annotations (see verbatim Identification). To eliminate observer bias, the same person analyzed all images used in this database. The organisms were identified from underwater images using a combination of identification guides and scientific papers. // 3. Approche taxonomique : Les organismes épibenthiques ont été identifiés au plus bas rang taxonomique possible. Une approche par morphotypes a systématiquement été utilisé (lors des annotations) pour l’identification des éponges, des hydrozoaires et des bryozoaires, et occasionnellement pour d’autres organismes tels que les algues. Des codes d’espèce ont également été utilisés pour distinguer certaines espèces qui ne pouvaient être identifiées au moment des annotations (voir verbatimIdentification). Pour éliminer le biais d'observateur, la même personne a analysé toutes les images utilisées dans cette base de données. Les organismes ont été identifiés à partir d'images sous-marines en utilisant une combinaison de guides d'identification et d'articles scientifiques.
4. 4. Open nomenclature: The concept of open nomenclature has been integrated into occurrence data to support taxonomic identifications with their level of certainty, as recommended by Horton et al., 2021. The abbreviation stet. (stetit) was used when the decision not to go lower was made but an identification might be possible, whereas indet (Indeterminabilis) was used when a lower level identification was considered uncertain or impossible (see identificationqualifier). In addition, the abbreviation Confer (cf.) was used and integrated into the data tables (see occurrenceRemarks) in order to link identifications that could potentially and/or possibly be associated. // 4. Nomenclature ouverte : Le concept de nomenclature ouverte a été intégré dans les données d’occurrence pour accompagner les identifications taxonomiques avec leur niveau de certitude, tel que recommandé par Horton et al., 2021. L’abréviation stet. (stetit) a été utilisée lorsque la décision de ne pas aller plus bas a été prise mais qu’une identification est peut-être possible, alors que celle indet (Indeterminabilis) a été utilisé lorsqu’une identification plus bas niveau était considérée incertaine ou impossible (voir identificationqualifier). De plus, l’abréviation Confer (cf.) a été utilisée et intégrée dans les tables de données (voir occurenceRemarks) afin de relier des identifications qui pourraient potentiellement et/ou éventuellement être associées.
5. 5. Remarks: Several remarks have also been incorporated (see organismRemarks, identificationRemarks and taxonRemarks), and are intended to provide additional information that may be useful to some data users; Please note that these sections could be modified or improved. // 5. Remarques : Plusieurs remarques ont également été intégrées (voir organismRemarks, identificationRemarks et taxonRemarks), et visent à fournir des informations supplémentaires pouvant être utiles à certains utilisateurs des données; à noter que ces sections pourraient faire l’objet de modifications ou de bonification.
6. 6. Quality control: The taxonomic identifications were verified through a validation process, in collaboration with various expert taxonomists. All scientific names have been checked against the World Register of Marine Species (WoRMS) to match currently recognized standards. The WoRMS match was placed in the taxonID field of the instance file. Data quality control was performed using Robistools and worms packages. All sample locations were plotted on a map for visual verification that the latitude and longitude coordinates were within the described sample area. // 6. Contrôle qualité : Les identifications taxonomiques ont été vérifiés grâce à un processus de validation, en collaboration avec différents experts taxonomistes. Tous les noms scientifiques ont été vérifiés sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes actuellement reconnues. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ taxonID du fichier d'occurrence. Le contrôle de la qualité des données a été effectué à l'aide des packages R obistools et worms. Tous les emplacements d'échantillonnage ont été reportés sur une carte afin d'effectuer un contrôle visuel confirmant que les coordonnées de latitude et de longitude se trouvaient dans la zone d'échantillonnage décrite.
7. 7. Data sharing: Only metadata and biodiversity occurrence data are shared in this dataset. The two files provided (DarwinCore format) are complementary and are linked by the "eventID" key. The "event" file includes generic event information, including date and location. The "occurrence" file includes the original identifiers of the observed organisms, identification comments and their taxonomy. A data dictionary is also provided to explain the fields used. For access to other data or images, contact David Lévesque. For more details about the project and the methodology, a technical report (Scallon-Chouinard et al., 2022) including sampling methods with drop camera photo systems (DCP) and stereoscopic baited remote underwater camera video systems (stereo-BRUVs) is currently available online (https://waves-vagues.dfo-mpo.gc.ca/library-bibliotheque/41081225.pdf); another technical report detailing photo and video image analysis methods will also be available. Data sharing: Only metadata and biodiversity occurrence data are shared in this dataset. For access to other data or images, contact David Lévesque. // 7. Partage des données : Seules les métadonnées et les données d’occurrence de la biodiversité sont partagés dans ce jeu de données. Les deux fichiers fournis (format DarwinCore) sont complémentaires et sont liés par la clé « eventID ». Le fichier «event» comprend les informations génériques de l'activité, notamment la date et la localisation. Le fichier «occurrence» comprend les identifiants originaux des organismes observés, des commentaires d’identification et leur taxonomie. Un dictionnaire des données est aussi fournis pour expliquer les champs utilisés. Pour l’accès aux autres données ou aux images, contacter David Lévesque. Pour plus de détails à propos du projet et de la méthodologie, un rapport technique (Scallon-Chouinard et al., 2022) incluant les méthodes d’échantillonnage avec les systèmes de caméra déposé (CPD) et de caméras vidéo stéréoscopiques appâtés (CVSA), est actuellement disponible en ligne (https://waves-vagues.dfo-mpo.gc.ca/library-bibliotheque/41081171.pdf); un autre rapport technique détaillant les méthodes d’analyse d’images photo et vidéo sera également disponible.

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Métadonnées additionnelles